有機肥養分全，肥效久，能改良土壤結構，培肥地力，還能供給養分，科學施用有機肥不僅為作物提供全面營養，可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤理化性質和活性，有機肥不容易燒根燒苗，特別是有機農業、綠色食品的主要營養成分。具體施用應注意幾點：
充分腐熟發酵后再施用。一是均衡了有機肥中的酸性，減少了硝酸鹽含量，補充了水分，有利于與自然界土壤中微生物菌的組合應用；二是發酵后能殺滅有害生物病菌等直接給作物和土壤帶來危害原糞肥中的寄生蟲卵。
嚴格遵守測土配方比例施用。合理地將生物菌肥與農家有機肥、化肥相配合，堅持按“四類一體”配方平衡施肥技術，并按作物生長期營養需求指導施肥。
作基肥適當深施。盡量將有機肥深施或蓋入土里，避免地表撒施肥料現象，減少肥料的流失浪費；
作物苗期基肥要深施或早施；生長期短的作物可作底肥一次性施入；生長期長的作物栽培施肥，應該分前后期來施用，做到“前輕、后重”，才能達到預期的目標產量效果。
　  有機肥雖然營養元素含量全，但含量較低，在土壤中分解較慢，在有機肥用量不是很大的情況下，很難滿足農作物對營養元素的需要；而化肥營養元素的含量高，肥效迅速，可根據農作物需要量的多少，進行有針對性的補充，二者取長補短，發揮各自的優勢，即可滿足農作物對各種營養元素在數量和時間上的需要。